レイトン教授のもとへ届いた一通の手紙。
差出人はレイトンの旧友、クラーク・トライトンだった。
クラークの手紙によると、「謎の巨人が現れて、次々に町を破壊している」という。
さらに、手紙には隠されたメッセージが…。
突然押しかけてきた、自称助手のレミとともに、クラークの住む霧の町、ミストハレリへと向かったレイトン。
町では謎の巨人による被害の跡が残されていた。
『魔神の笛』が鳴り響くとき、それは現れる…。
ミストハレリに伝わる、謎の『魔神伝説』。
果たして、正体は神か?悪魔か?
そして、世界の終わりを予言する少年、ルークと出会う…。
解明に向かうレイトンを待ち受ける、さまざまなナゾ。
さらに迫りくる、新たなる闇…。
多くのナゾが絡み合い、浮かび上がる驚愕の真実!